溯源“奧密克戎”:說出你的秘密 揭秘市疾控新冠病毒基因測序?qū)嶒?yàn)室
發(fā)布時間：2022-04-02 14:03:23 文章來源：大眾報(bào)業(yè)·半島網(wǎng)
文/圖　半島全媒體記者　齊娟青島市曾公布本輪新冠肺炎疫情的病毒基因組序列,公布疫情全基因測序結(jié)果與我國本土和入境人員病例基因庫比對情況

文/圖　半島全媒體記者　齊娟

青島市曾公布本輪新冠肺炎疫情的病毒基因組序列,公布疫情全基因測序結(jié)果與我國本土和入境人員病例基因庫比對情況。通報(bào)中,這些專業(yè)結(jié)論是如何得到的?新冠病毒全基因組測序工作又是如何開展的?日前,半島全媒體記者跟隨市疾病預(yù)防控制中心應(yīng)急檢測組,了解新冠病毒全基因組測序的方方面面。

確定基因型別

進(jìn)行新冠病毒基因溯源

來到青島市疾病預(yù)防控制中心的微生物檢驗(yàn)科,長長的走廊兩邊都是不同功能的實(shí)驗(yàn)室。根據(jù)工作劃分,實(shí)驗(yàn)室配備了核酸提取儀、核酸定量儀、熒光定量PCR儀(基因擴(kuò)增儀)、普通PCR儀、全自動分子診斷系統(tǒng)、全自動分杯處理系統(tǒng)和二代測序儀等先進(jìn)儀器設(shè)備。

據(jù)工作人員介紹,市疾控中心承擔(dān)了全市新冠病毒疑似陽性樣本的復(fù)核和全基因組測序工作。

“一旦全市醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)、第三方檢測機(jī)構(gòu)等具有新冠病毒核酸檢測資質(zhì)的單位篩查出陽性的樣本,就會樣本送到市疾控中心新冠實(shí)驗(yàn)室。對于復(fù)核陽性的首發(fā)病例、指示病例及入境人員病例的核酸樣本,我們會在第一時間進(jìn)行全基因組測序工作,來確定病毒的基因型別,并進(jìn)行新冠病毒基因溯源?！笔屑部刂行奈⑸餀z驗(yàn)科主任、應(yīng)急檢測組組長汪照國介紹道。

“國標(biāo)”72小時

青島最快24小時出結(jié)果

應(yīng)急檢測組成員劉思彤介紹,完成數(shù)據(jù)比對后,還要及時撰寫全基因組測序分析報(bào)告。

“每個病例基因組序列全長多少,為奧密克戎變異株哪一進(jìn)化分支,與哪個首發(fā)或指示病例共享最多突變位點(diǎn),或又在此基礎(chǔ)上增加了哪個突變位點(diǎn),推斷可能與哪次疫情為同一傳播鏈?！眲⑺纪榻B,若青島的數(shù)據(jù)庫查無此例,則需要與省疾控、國家疾控的數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對。

“國家對新冠病毒測序工作要求的時長是72小時出結(jié)果,經(jīng)過我們團(tuán)隊(duì)的不斷努力,可以40個小時完成樣品的接收、處理與分析工作。對于一些特殊的樣本,最快可以在24小時內(nèi)得到測序結(jié)果。全基因組測序工作在國家和省級專家的支持下,在青島市各級領(lǐng)導(dǎo)的關(guān)懷下,有了突飛猛進(jìn)的發(fā)展。”汪照國說道。

汪照國介紹,青島市疾控還具有第三代全基因組測序能力,“二代和三代測序技術(shù)相結(jié)合,能夠?yàn)橥话l(fā)公共衛(wèi)生事件中的全基因組測序工作設(shè)置‘雙保險’?！?/p>

標(biāo)簽： 市疾控中心 病毒基因 突變位點(diǎn)

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